> demo(spd,"BNArray") demo(spd) ---- ~~~ Type to start : > library(BNArray) > data(total.data) > ori.compact <- LLSimpute(total.data$df.all, total.data$df.ori, total.data$n.changed) > ori.compact <- FinalImpute(ori.compact) > bn.data <- PrepareCompData(ori.compact) > n.microarray <- dim(ori.compact)[2] > selected.gene <- c(10:15) > bn.data <- bn.data[1:(n.microarray - 1), selected.gene] > nw <- network(bn.data) > nw.prior <- jointprior(nw, 20) > nw <- getnetwork(learn(nw, bn.data, nw.prior)) > nw.search <- autosearchEx(nw, bn.data, nw.prior, removecycles = TRUE) [Autosearch (1) -438.5991 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (2) -423.8234 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL002W][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (3) -420.8613 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL002W][YBL023C|YBL003C][YBL030C][YBL035C] (4) -418.433 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL002W:YBL003C][YBL023C|YBL003C][YBL030C][YBL035C] (5) -416.8356 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL002W:YBL003C][YBL023C|YBL003C][YBL030C][YBL035C|YBL009W] (6) -415.2853 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL002W:YBL003C][YBL023C|YBL003C:YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL009W] (7) -413.0864 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL002W:YBL003C][YBL023C|YBL003C:YBL030C:YBL035C][YBL030C][YBL035C|YBL009W] (8) -411.8124 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL002W:YBL003C][YBL023C|YBL003C:YBL009W:YBL030C:YBL035C][YBL030C][YBL035C|YBL009W] (9) -411.6239 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL030C][YBL023C|YBL003C:YBL009W:YBL030C:YBL035C][YBL030C][YBL035C|YBL009W] Total 3.04 add 0.96 rem 0.13 turn 0.15 sort 0.04 choose 1.23 rest 0.53 ] > nw.heu <- heuristicEx(getnetwork(nw.search), bn.data, nw.prior, removecycles = TRUE, restart = 2, degree = 10, trylist = gettrylist(nw.search)) [Heuristic [Autosearch Total 0.21 add 0.03 rem 0 turn 0.03 sort 0 choose 0.12 rest 0.03 ] [Perturb 0.12 ] [Autosearch (1) -417.5856 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C][YBL009W|YBL003C][YBL023C|YBL002W:YBL003C:YBL009W][YBL030C][YBL035C|YBL030C] (2) -415.1924 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C][YBL009W|YBL003C][YBL023C|YBL002W:YBL003C:YBL009W:YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL030C] (3) -413.4436 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C|YBL002W:YBL003C:YBL009W:YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL030C] (4) -411.9905 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C|YBL002W:YBL003C:YBL009W:YBL030C:YBL035C][YBL030C][YBL035C|YBL030C] (5) -411.7857 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C|YBL002W:YBL003C:YBL009W:YBL030C:YBL035C][YBL030C][YBL035C] (6) -411.6609 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C|YBL003C:YBL009W:YBL030C:YBL035C][YBL030C][YBL035C] (7) -411.6091 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL030C][YBL003C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C|YBL003C:YBL009W:YBL030C:YBL035C][YBL030C][YBL035C] Total 2.03 add 0.38 rem 0.12 turn 0.21 sort 0.06 choose 0.79 rest 0.47 ] [Perturb 0.21 ] [Autosearch (1) -412.5838 [YBL002W|YBL003C:YBL023C:YBL030C][YBL003C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL030C][YBL023C|YBL003C:YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL009W:YBL023C] (2) -412.1736 [YBL002W|YBL003C:YBL030C][YBL003C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL030C][YBL023C|YBL003C:YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL009W:YBL023C] (3) -411.9464 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL030C][YBL023C|YBL003C:YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL009W:YBL023C] (4) -411.7199 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL030C][YBL023C|YBL003C:YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL009W:YBL023C:YBL030C] Total 1.33 add 0.16 rem 0.06 turn 0.16 sort 0.07 choose 0.55 rest 0.33 ] Tried 311 out of approx. 3781503 networks 4.07 ] Perturb: 0.37 ,Autosearch: 4.02 ,Unique: 0 > nw.best <- getnetwork(nw.heu) > plot(nw.best, cexscale = 3, unitscale = 5) > g.matrix <- ConstGraphMatrix(total.data$n.changed, nw.heu, bn.data) > WriteBN(g.matrix) > nboot <- 3 > boot.ret <- BootstrapBN(bn.data, nboot) [Autosearch (1) -452.6833 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (2) -435.0387 [YBL002W|YBL003C][YBL003C|YBL009W][YBL009W][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (3) -429.8328 [YBL002W|YBL003C][YBL003C|YBL009W:YBL023C][YBL009W][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (4) -426.5176 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C|YBL009W:YBL023C][YBL009W][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (5) -424.5816 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (6) -422.7347 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W][YBL023C][YBL030C][YBL035C|YBL002W] (7) -422.0618 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W][YBL023C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL023C] (8) -421.4192 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W][YBL023C][YBL030C|YBL023C][YBL035C|YBL002W:YBL023C] Total 2.47 add 0.82 rem 0.05 turn 0.27 sort 0.08 choose 0.76 rest 0.49 ] [Heuristic [Autosearch Total 0.22 add 0.04 rem 0 turn 0.03 sort 0 choose 0.11 rest 0.04 ] [Perturb 0.17 ] [Autosearch (1) -422.6772 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL023C][YBL023C|YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL003C:YBL023C] (2) -421.8738 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W][YBL023C|YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL003C:YBL023C] (3) -421.5482 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W][YBL023C|YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL023C] (4) -421.5273 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL023C][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W][YBL023C|YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL023C] (5) -421.4192 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W][YBL023C|YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL023C] (6) -421.4192 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W][YBL023C][YBL030C|YBL023C][YBL035C|YBL002W:YBL023C] Total 1.7 add 0.24 rem 0.11 turn 0.25 sort 0.04 choose 0.68 rest 0.38 ] [Perturb 0.11 ] [Autosearch (1) -423.3753 [YBL002W|YBL009W][YBL003C|YBL002W:YBL009W][YBL009W][YBL023C|YBL003C:YBL009W:YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL002W] (2) -422.7024 [YBL002W|YBL009W][YBL003C|YBL002W:YBL009W][YBL009W][YBL023C|YBL003C:YBL009W:YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL023C] (3) -422.313 [YBL002W|YBL009W:YBL030C][YBL003C|YBL002W:YBL009W][YBL009W][YBL023C|YBL003C:YBL009W:YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL023C] (4) -422.2474 [YBL002W|YBL009W:YBL030C][YBL003C|YBL002W:YBL009W][YBL009W][YBL023C|YBL002W:YBL003C:YBL009W:YBL030C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL023C] Total 1.5 add 0.26 rem 0.06 turn 0.16 sort 0.07 choose 0.63 rest 0.32 ] Tried 247 out of approx. 3781503 networks 3.86 ] Perturb: 0.31 ,Autosearch: 3.87 ,Unique: 0 [Autosearch (1) -430.2369 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (2) -410.6947 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL003C][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (3) -402.6597 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (4) -400.1053 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C][YBL030C][YBL035C|YBL023C] (5) -397.6426 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C][YBL030C][YBL035C|YBL023C] (6) -395.6449 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C][YBL030C][YBL035C|YBL023C] (7) -394.1325 [YBL002W|YBL003C][YBL003C|YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C][YBL030C][YBL035C|YBL023C] (8) -393.3151 [YBL002W|YBL003C][YBL003C|YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C][YBL030C][YBL035C|YBL023C:YBL030C] (9) -391.7495 [YBL002W|YBL003C][YBL003C|YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL023C:YBL030C] (10) -391.1414 [YBL002W|YBL003C][YBL003C|YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL023C:YBL030C] Total 3.14 add 0.93 rem 0.17 turn 0.2 sort 0.1 choose 1.08 rest 0.66 ] [Heuristic [Autosearch Total 0.22 add 0.01 rem 0.02 turn 0.01 sort 0.02 choose 0.11 rest 0.05 ] [Perturb 0.23 ] [Autosearch (1) -393.751 [YBL002W|YBL003C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL023C:YBL035C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL003C:YBL035C][YBL035C] (2) -392.2581 [YBL002W|YBL003C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL023C:YBL035C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL035C] (3) -391.9267 [YBL002W|YBL003C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL023C:YBL035C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL035C] (4) -391.7639 [YBL002W|YBL003C:YBL035C][YBL003C|YBL023C:YBL035C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL035C] (5) -391.6757 [YBL002W|YBL003C][YBL003C|YBL023C:YBL035C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL035C] (6) -391.6757 [YBL002W|YBL003C][YBL003C|YBL035C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C|YBL003C:YBL035C][YBL030C|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL035C] (7) -391.2857 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C|YBL003C:YBL035C][YBL030C|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL035C] Total 2.33 add 0.25 rem 0.32 turn 0.36 sort 0.05 choose 0.85 rest 0.5 ] [Perturb 0.11 ] [Autosearch (1) -402.2719 [YBL002W|YBL003C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL035C][YBL023C|YBL003C][YBL030C][YBL035C|YBL023C:YBL030C] (2) -396.1898 [YBL002W|YBL003C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL035C][YBL023C|YBL003C][YBL030C][YBL035C|YBL023C:YBL030C] (3) -393.2813 [YBL002W|YBL003C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C|YBL003C][YBL030C][YBL035C|YBL023C:YBL030C] (4) -391.7601 [YBL002W|YBL003C:YBL030C][YBL003C|YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C|YBL003C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL023C:YBL030C] (5) -391.2619 [YBL002W|YBL003C:YBL030C][YBL003C|YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL023C:YBL030C] (6) -391.1414 [YBL002W|YBL003C][YBL003C|YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C][YBL030C][YBL035C|YBL002W:YBL023C:YBL030C] Total 1.73 add 0.19 rem 0.08 turn 0.22 sort 0.02 choose 0.71 rest 0.51 ] Tried 289 out of approx. 3781503 networks 4.78 ] Perturb: 0.35 ,Autosearch: 4.75 ,Unique: 0.01 [Autosearch (1) -435.2062 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (2) -419.1166 [YBL002W|YBL003C][YBL003C][YBL009W|YBL003C][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (3) -414.3554 [YBL002W|YBL003C][YBL003C|YBL023C][YBL009W|YBL003C][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (4) -412.0664 [YBL002W|YBL003C][YBL003C|YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL003C][YBL023C][YBL030C][YBL035C] (5) -409.8915 [YBL002W|YBL003C][YBL003C|YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL003C][YBL023C|YBL035C][YBL030C][YBL035C] (6) -407.9237 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C|YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL003C][YBL023C|YBL035C][YBL030C][YBL035C] (7) -406.6145 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C|YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C][YBL035C] (8) -405.7885 [YBL002W|YBL003C:YBL009W][YBL003C|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C][YBL035C] (9) -405.6024 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL030C][YBL003C|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C][YBL035C] (10) -405.5136 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL030C][YBL003C|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL035C][YBL035C] (11) -405.4438 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL035C][YBL035C] (12) -405.3647 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL035C][YBL035C] Total 3.18 add 0.86 rem 0.24 turn 0.32 sort 0.1 choose 1.01 rest 0.65 ] [Heuristic [Autosearch (1) -405.3647 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C][YBL030C|YBL035C][YBL035C|YBL023C] (2) -405.3647 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL009W|YBL003C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL035C][YBL035C] Total 0.61 add 0.03 rem 0.04 turn 0.12 sort 0.01 choose 0.21 rest 0.2 ] [Perturb 0.27 ] [Autosearch (1) -408.8587 [YBL002W|YBL003C:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL009W|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL023C][YBL035C] (2) -406.9349 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL009W|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL023C][YBL035C] (3) -406.1831 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL009W|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C][YBL035C] (4) -405.8344 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C][YBL035C] (5) -405.5210 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL023C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C][YBL035C] (6) -405.4322 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL023C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL035C][YBL035C] (7) -405.4257 [YBL002W|YBL003C:YBL009W:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL035C][YBL035C] Total 1.77 add 0.07 rem 0.19 turn 0.36 sort 0.07 choose 0.55 rest 0.53 ] [Perturb 0.3 ] [Autosearch (1) -406.0944 [YBL002W|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL002W:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C][YBL035C|YBL030C] (2) -405.724 [YBL002W|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL002W:YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C][YBL035C|YBL030C] (3) -405.4142 [YBL002W|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL002W:YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL003C:YBL023C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C][YBL035C|YBL030C] (4) -405.17 [YBL002W|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL002W:YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL023C:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C][YBL035C|YBL030C] (5) -404.6000 [YBL002W|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL002W:YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C][YBL035C|YBL030C] (6) -404.6000 [YBL002W|YBL023C:YBL030C:YBL035C][YBL003C|YBL002W:YBL009W:YBL023C:YBL030C][YBL009W|YBL002W:YBL035C][YBL023C|YBL035C][YBL030C|YBL035C][YBL035C] Total 1.69 add 0.08 rem 0.25 turn 0.29 sort 0.01 choose 0.65 rest 0.41 ] Tried 327 out of approx. 3781503 networks 4.89 ] Perturb: 0.67 ,Autosearch: 4.63 ,Unique: 0.02 > WriteBootBN(boot.ret) > g.width <- dim(g.matrix)[1] > sumgraph.matrix <- CalcEdgeSup(boot.ret$g.matrix.list.ret, nboot) > rownames(sumgraph.matrix) <- c(1:g.width) > colnames(sumgraph.matrix) <- c(1:g.width) > DisplayGraph(sumgraph.matrix, names(bn.data[1, ])) > ret.dengraph.list <- list() > n.den.subgraph <- 0 > length(ret.dengraph.list) <- g.width > ii <- 0 > jj <- 0 > ret.sedord.dengraph.list <- list() > coh.dengraph.list <- list() > coh.dengraph.final.list <- list() > CODENSEX(sumgraph.matrix, boot.ret) > n.sedord.den.subgraph <- length(ret.sedord.dengraph.list) > length(coh.dengraph.list) <- n.den.subgraph > length(coh.dengraph.final.list) <- n.den.subgraph