主编:陈铭
第六章 转录组学
视频资料
1_RNA-seq分析视频
1. 系统环境配置 —— 5:29
2. 数据获取及质量控制 —— 33:43
2.1 安装sratoolkit —— 2:54(下载视频)
2.2 fastq-dump提取sra —— 2:48(下载视频)
2.3 基因组及注释文件获取 —— 5:12(下载视频)
2.4 安装Java和FastQC —— 4:57(下载视频)
2.5 FastQC评估测序质量 —— 3:59(下载视频)
2.6 FASTX-Toolkit安装及质量控制 —— 13 :53(下载视频)
3. 比对及结果评估 —— 29:02
3.1 安装HISAT2和StringTie —— 3:06(下载视频)
3.2 HISAT2进行reads比对 —— 4:09(下载视频)
3.3 安装samtools —— 5:38(下载视频)
3.4 samtools排序转换 —— 2:38(下载视频)
3.5 Windows安装Java —— 4:16(下载视频)
3.6.1 samtools生成index文件 —— 1:07(下载视频)
3.6.2 IGV安装及比对结果可视化 —— 3:18(下载视频)
3.7 安装Qualimap及比对质量评估 —— 4:50(下载视频)
4. 拼接 —— 9:18
4.1 StringTie组装转录本 —— 3:03(下载视频)
4.2 转录本整合 —— 2:44(下载视频)
4.3 gffcompare比较鉴定新转录本 —— 3:31(下载视频)
5. 表达丰度估算 —— 18:27
5.1 StringTie计算FPKM —— 9:12(下载视频)
5.2 安装HTSeq —— 4:42(下载视频)
5.3 HTSeq-count计算匹配reads数—— 4:33(下载视频)
6. 差异表达分析 —— 33:10
6.1 安装R和RStudio —— 4:42(下载视频)
6.2.1 R安装DESeq2 —— 5:35(下载视频)
6.2.2 R安装ggplot2 —— 1:32(下载视频)
6.2.3 R安装pheatmap —— 0:58(下载视频)
6.3 差异表达分析及结果可视化 —— 20:23(下载视频)
7. 富集分析 —— 16:23
7.1 DAVID在线富集分析 —— 3:27(下载视频)
7.2.1 R安装clusterProfiler —— 4:03(下载视频)
7.2.2 R安装org.At.tair.db —— 2:03(下载视频)
7.3 DAVID转换GeneID —— 2:31(下载视频)
7.4 clusterProfiler富集分析 —— 4:19(下载视频)
8. 共表达网络分析 —— 16:01
8.1 R安装WGCNA和flashClust —— 2:10(下载视频)
8.2 WGCNA分析 —— 8:33(下载视频)
8.3 Cytoscape网络可视化 —— 5:18(下载视频)(CytoScape使用介绍视频)
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