"CloneAssistant 1.0"是一个不依赖其他程序的生物软件, 它可以自动为用户设计含载体和基因完整序列信息的克隆引物、克隆策略、引物设计的原则、框架读取、位置效应和酶反应条件。此外还可用于酶切图谱分析、ORF(开放阅读框)查找、序列比对和互补性分析、翻译、限制性内切酶和通用缓冲查询，以及同尾分析。

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  Reference: Chaogang Shao, Yijun Meng, Shaolei Lv, Wei Zhong, Zheyu Wang, Ming Chen* (2010) CloneAssistant 1.0: a stand-alone software for automated cloning primer design. Journal of Biotechnology, 150: 294-298.

    BNArray是使用R语言开发的系统化工具，它通过使用贝叶斯网络使DNA芯片数据基因调控网络的搭建更为简化，通过我们用于有向图的扩展子网络挖掘算法，可以重建高可信度的调控网络的重要子模块。
    为了评估生成贝叶斯网络的统计特征，通过重采样程序生成候选网络集合。这些一阶网络集合用于挖掘密集相关子网络。除此之外，BNArray可以处理包含缺失数据的芯片数据集。
    BNArray包使用R语言，一个开源编程环境进行开发，它包含以下四个主要功能模块：
      1. 输入LLSimpute算法芯片实验中的缺失数据。这样，我们可以输入完整的数据库以建立贝叶斯网络。
      2. 建立用于基因调控的贝叶斯网络。我们开发了用于学习混合变量的贝叶斯网络的，先前实施的R语言包协议。
      3. 对芯片数据集通过Efron的引导工具重采样，以生成更为可信的数据，然后重复步骤2以建立一个1阶高质量贝叶斯网络的合集。
      4. 根据之前生成的候选贝叶斯网络，使用用于有向图的扩展的CODENSE算法重建显著的连续调控子网络。
    BNArray允许用户自己指定参数及根据需要更改开源代码。

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  Reference: Xiaohui Chen, Ming Chen*, Kaida Ning (2006) BNArray: An R package for constructing gene regulatory networks from microarray data by using Bayesian network. Bioinformatics, 22: 2952-2954.