MyBioNet是一个基于网页的生物网络分析程序，提供对用户友好的网页界面以查看、编辑及合并生物网络。此外，MyBioNet集成了1366种生物的KEGG代谢网络数据，并允许用户搜索和浏览感兴趣的网络。所有KEGG的代谢网络数据均分类存储于MySQL数据库中。MyBioNet使用Flex/Actionscript解释器，使用PHP语言并托管在Apache网页服务器中。MyBioNet可使用所有支持Flash嵌入功能的浏览器通过输入http://bis.zju.edu.cn/mybionet/进行访问。

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  Reference: Donglin Huang, Yiling Huang, Youhuang Bai, Dijun Chen, Ralf Hofestädt, Christian Klukas, Ming Chen* (2011) MyBioNet: interactively visualize, edit and merge biological networks on the Web. Bioinformatics, 27(23): 3321-3322.

     PBSK浏览器是一个设计用于处理PSI-MI、BioPAX、SBML和KGML等广泛用于系统生物学的常用标准路径文件格式的网页服务器。通过其查询和浏览功能，用户可以HTML表格形式从这些路径文件内导出所需的数据，并将这些路径文件的内容从机器阅读翻译为可以人工阅读的内容。

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  Reference: Donglin Huang, Yiling Huang, Christian Klukas, Ralf Hofestaedt, Ming Chen* (2010) PBSK Browser: navigate biological pathways of PSI-MI, BioPAX, SBML and KGML formats. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops, BIBM 2010, 13-17.

     VIRS是一个设计用于限制性内切酶切割位点的预测和可视化(visualization)的基于网页的交互式程序。
     该系统允许同时批量处理DNA序列，并生成含有可让用户自定义的一些有用选项的视觉限制地图(visual restriction maps)。这些选项还提供对限制地图(restriction maps)的深度分析，如酶切片段的虚拟电泳结果。与其他分析工具不同，VIRS不仅显示视觉输出，还提供商业上可用的酶的详细属性。所有与这些酶相关的信息均存储于我们每月根据制造商的网站更新的数据库中。

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  Reference: Xiang Chen, Cong Luo, Xiaoxia Ma, Ming Chen* (2009) VIRS: a visual tool for identifying restriction sites in multiple DNA sequences. Biotechnology Progress, 25(5): 1525-1527.

     蛋白质中继网页服务器(Meta Protein Webserver)是一个用于简化蛋白质结构和功能预测的中继服务器。除了向非专业用户用户提供统一界面和向生物信息学社区提供预测服务器子集的流水线网关外，它还允许对来自多个预测子的预测结果进行快速的简易比较。现在，MPW提供对一系列高质量服务器的访问，这些服务器涵盖一级结构预测、二级结构预测、资料搜索、三级结构预测等领域和更多如翻译后修饰预测、拓补预测之类的特殊领域。我们将提供蛋白质组学预测和蛋白质互作的更多相关工具。