Home >> 教材目录

In this page:


Date:

欢迎使用《生物信息学》普通高等教育“十二五”、“十三五”、“十四五”规划教材:

第四版
配套实验教材
第三版
第二版
第一版
生物信息学教材
生物信息学实验教材
生物信息学教材
生物信息学教材
生物信息学教材
2022年
2022年
2018年
2015年
2012年

科学 · 新书丨《生物信息学(第四版)》正式出版

部分课件下载(基础版本仅供参考),欢迎修改补充共享。

本教材的《课程学习笔记(第二版)》、《课程学习笔记(第四版)》,by 毕夏安 教授

本教材同时提供生物信息学编程能力训练平台,欢迎使用(点击进入

内容提要



《生物信息学》联合国内高校学者,紧密跟踪学科发展,提炼学科精华,编写完成。全书涵盖了生物信息学、系统生物学、合成生物学的相关内容,以及应用于第二代测序技术的相关软件和算法。第一、二、三版出版以来,越来越多的高校将其作为首选专业教材或选修教材。作为科学出版社普通高等教育“十四五”规划教材,第四版在修订部分章节的基础上,增加复杂网络、深度学习等新章节,并进行数字化、思政建设,推出相关内容的学习及实践视频,以及配套的《生物信息学实验》。
《生物信息学》可用作高等院校生物信息学专业的教材,也可作为科研院所相关专业学生、研究人员的参考用书。

第四版目录(2022)(PPT在每年教学研讨会之后陆续推出,欢迎参与修订!)

序 & 前言

给学生的信

给老师的信

第一章 生物信息学的概念及发展历史(下载ppt

    第一节 生物信息学的发展历史
    第二节 生物信息学的研究领域
    第三节 生物信息学的主要应用
    第四节 生物信息学面临的挑战
    思考题
    参考文献

第二章 生物学数据库及其检索(下载ppt

    第一节 生物学数据库简介
    第二节 生物学数据库的数据存储格式
    第三节 生物学数据库的检索
    思考题
    参考文献

第三章 序列比对原理(下载ppt

    第一节 序列比对相关概念
    第二节 序列比对打分方法
    第三节 序列比对算法
    第四节 序列比对工具
    第五节 多序列比对
    思考题
    参考文献

第四章 蛋白质结构分析(下载ppt

    第一节 蛋白质结构组织层次
    第二节 蛋白质结构的测定与理论预测
    第三节 蛋白质对接
    第四节 蛋白质折叠与疾病
    思考题
    参考文献 | 其他资源:VMD

第五章 真核生物基因组的注释(下载ppt

    第一节 基因组学概述
    第二节 蛋白质编码基因的注释
    第三节 RNA基因的注释
    第四节 重复序列的注释
    第五节 假基因的注释
    第六节 案例分析:黄瓜基因组的注释
    思考题
    参考文献

第六章 转录组学(下载ppt

    第一节 转录组学概述
    第二节 试验设计和测序流程
    第三节 转录组数据核心分析
    第四节 功能分析
    第五节 RNA-seq数据分析案例(下载视频及文件
    思考题
    参考文献

第七章 非编码RNA(下载ppt

    第一节 非编码RNA概述
    第二节 非编码RNA的分类
    第三节 MicroRNA
    第四节 LnRNA
    第五节 CircRNA
    第六节 其它小分子RNA
    思考题
    参考文献

第八章 蛋白质组学(下载ppt

    第一节 蛋白质组学概述
    第二节 蛋白质的大规模分离鉴定技术
    第三节 蛋白质的翻译后修饰
    第四节 蛋白质分选
    第五节 蛋白质相互作用
    思考题
    参考文献

第九章 系统生物学(下载ppt

    第一节 系统生物学基本概念
    第二节 复杂网络及特征
    第三节 系统生物学基本技术与方法
    第四节 基因表达调控网络
    第五节 代谢网络
    第六节 信号转导途径
    第七节 蛋白质一蛋白质相互作用网络
    第八节 虚拟细胞
    第九节 生物学网络的构建、分析与可视化(下载Cytoscape视频及文件
    思考题
    参考文献

第十章 合成生物学(下载ppt

    第一节 合成生物学概述
    第二节 合成生物学基础研究经典实例
    第三节 合成生物学应用研究经典实例
    思考题
    参考文献

第十一章 分子进化与系统发育(下载ppt

    第一节 分子进化与系统发育
    第二节 分子系统发育树的构建方法
    第三节 系统发育树构建及应用
    思考题
    参考文献

第十二章 统计学习与推理(下载ppt

    第一节 统计学习与推理基础
    第二节 统计模型与参数推断
    第三节 聚类分析、主成分分析与Fisher判别
    第四节 贝叶斯推理
    第五节 隐马尔可夫模型
    第六节 动态神经网络
    第七节 深度学习
    第八节 支持向量机
    第九节 MATLAB的应用实例
    思考题
    参考文献

第十三章 生物信息学编程基础(下载ppt)(下载视频

    第一节 Linux操作系统
    第二节 生物信息学中的编程语言
    第三节 SQL及数据库编程
    第四节 并行计算
    思考题
    参考文献

第十四章 新一代测序技术及其应用(下载ppt

    第一节 测序技术概述
    第二节 第二代测序原理
    第三节 第二代测序技术的应用
    第四节 生物信息学在第二代测序中的应用
    第五节 生物信息学新技术与发展趋势
    思考题
    参考文献

思政内容(下载ppt

更多资源及咨讯

    1. 大数据时代的整合生物信息学
    2. 生物信息常用数据库和工具网址
    3. 《生物信息学》导读
    4. 本教材相关的国家及省部级教学资源:
    5. 生物信息学教学研讨会,每年8月中旬举行,地点:内蒙古通辽市(预报名

勘误表

页码 行数 原文 更正
254 12 字符替换树相加 字符替换数相加
以下2022.6后版本已更正:
70 5 序列同源性大于35% 序列相似性大于35%
251 16
255 11 2次、1次和1次; 2次、1次和2次;
255 12 替换数分别为5、6和6 替换数分别为5、6和7
255 图11-12(B) 节点d4为“T" 节点d4为“A"

if any problem, please contact:

邮编:310058,浙江大学(紫金港校区)生命科学学院,生物信息学实验室(binfo@zju.edu.cn)

非常感谢!


生物信息学实验目录(2022)


前言

实验1 Linux系统入门与操作

    实验1-1 文件与目录管理
    实验1-2 文本输入(图1-1
    实验1-3 系统管理(图1-2图1-3图1-4
    实验1-4 Linux系统中的软件安装

实验2 R语言基础

    实验2-1 R语言的基本操作(x.txtxx.txt
    实验2-2 使用R语言计算并安装R程序包(score.txtbac.txt
    实验2-3 使用R语言画图(图2-1

实验3 NCBI、ENA和DDBJ数据库的序列获取

实验4 双序列比对(图4-1图4-2图4-3

实验5 多序列比对分析(图5-1图5-2图5-3

实验6 进化分析(图6-1图6-2

实验7 基因预测

实验8 转录组分析(下载视频(理论课教材))(数据材料图片

    实验8-1 转录组数据准备
    实验8-2 质控
    实验8-3 序列映射
    实验8-4 转录本定量
    实验8-5 差异表达分析
    实验8-6 基因功能富集分析
    实验8-7 加权基因共表达网络分析

实验9 转录调控分析

实验10 单细胞转录组

实验11 蛋白质分析

实验12 Cytoscape系统生物学(下载视频(理论课教材)

附录

参考文献

勘误表

页码 行数 原文 更正
51 5 Toolktit Toolkit

第三版目录(2018)



前言

第一章 生物信息学的概念及其发展历史(下载ppt

    第一节 生物信息学的发展历史
    第二节 生物信息学的研究领域
    第三节 生物信息学的主要应用
    第四节 生物信息学面临的挑战
    思考题
    参考文献

第二章 生物学数据库及其检索(下载ppt

    第一节 生物学数据库简介
    第二节 生物学数据库的内容与结构
    第三节 生物学数据库的检索
    思考题
    参考文献

第三章 序列比对原理(下载ppt

    第一节 序列比对相关概念
    第二节 序列比对打分方法
    第三节 序列比对算法
    第四节 序列比对工具
    第五节 多序列比对
    思考题
    参考文献

第四章 蛋白质结构分析(下载ppt

    第一节 蛋白质结构组织层次
    第二节 蛋白质结构的测定与理论预测
    第三节 蛋白质折叠与疾病
    思考题
    参考文献

第五章 真核生物基因组的注释(下载ppt

    第一节 蛋白质编码基因的注释
    第二节 RNA基因的注释
    第三节 重复序列的注释
    第四节 假基因的注释
    第五节 案例分析:黄瓜基因组的注释
    思考题
    参考文献

第六章 转录组学(下载ppt

第七章 非编码RNA(下载ppt

    第一节 非编码RNA概述
    第二节 非编码RNA的分类
    第三节 第三节 MicroRNA
    第四节 环状RNA(circRNA)
    第五节 其它小分子RNA(Small RNA)
    思考题
    参考文献

第八章 蛋白质组学(下载ppt

    第一节 蛋白质组学概述(图6.1
    第二节 蛋白质的大规模分离鉴定技术
    第三节 蛋白质的翻译后修饰
    第四节 蛋白质分选
    第五节 蛋白质相互作用
    思考题
    参考文献

第九章 系统生物学(下载ppt

    第一节 系统生物学基本概念
    第二节 系统生物学基本技术与方法
    第三节 基因表达调控网络(图7.11-12
    第四节 代谢网络
    第五节 信号转导途径
    第六节 蛋白质一蛋白质相互作用网络(图7.28图7.29图7.30图7.31图7.32图7.33
    第七节 虚拟细胞
    第八节 Cytoscape(下载视频及文件
    思考题
    参考文献

第十章 合成生物学(下载ppt

    第一节 合成生物学概述
    第二节 合成生物学基础研究经典实例
    第三节 合成生物学应用研究经典实例
    思考题
    参考文献

第十一章 分子进化与系统发育(下载ppt

    第一节 分子进化与系统发育
    第二节 分子系统发育树的构建方法
    第三节 系统发育树构建及应用
    思考题
    参考文献

第十二章 统计学习与推理(下载ppt

    第一节 统计学习与推理基础
    第二节 统计模型与参数推断
    第三节 聚类分析、主成分分析与Fisher判别
    第四节 贝叶斯推理
    第五节 隐马尔可夫模型
    第六节 动态神经网络
    第七节 支持向量机
    第八节 MATLAB的应用实例
    思考题
    参考文献

第十三章 生物信息学编程基础(下载ppt)(下载视频

    第一节 Linux操作系统
    第二节 生物信息学中的编程语言
    第三节 SQL及数据库编程
    第四节 并行计算
    思考题
    参考文献

第十四章 第二代测序技术及其应用(下载ppt

    第一节 测序技术概述
    第二节 第二代测序原理(图12.3左
    第三节 第二代测序技术的应用(图14.4图14.5
    第四节 生物信息学在第二代测序中的应用(图12.6图12.8图12.10
    第五节 生物信息学新技术与发展趋势
    思考题
    参考文献

勘误表

页码 行数 原文 更正
97页 图5-4 rRNA tRNA
143页 图7-5 sRANs sRNAs
336页 倒第4行 lcnRNA lncRNA

 


第二版目录(2015)


彩版

前言
第一章 生物信息学的概念及其发展历史(下载ppt

    第一节 生物信息学的发展历史
    第二节 生物信息学的研究领域
    第三节 生物信息学的主要应用
    第四节 生物信息学面临的挑战
    思考题
    参考文献

第二章 生物学数据库及其检索(下载ppt
    第一节 生物学数据库简介
    第二节 生物学数据库的内容与结构
    第三节 生物学数据库的检索
    思考题
    参考文献

第三章 序列比对原理(下载ppt
    第一节 序列比对相关概念
    第二节 序列比对打分方法
    第三节 序列比对算法
    第四节 序列比对工具
    第五节 多序列比对
    思考题
    参考文献

第四章 蛋白质结构分析(下载ppt
    第一节 蛋白质结构组织层次
    第二节 蛋白质结构的测定与理论预测
    第三节 蛋白质折叠与疾病
    思考题
    参考文献

第五章 真核生物基因组的注释(下载ppt
    第一节 蛋白质编码基因的注释
    第二节 RNA基因的注释
    第三节 重复序列的注释
    第四节 假基因的注释
    第五节 案例分析:黄瓜基因组的注释
    思考题
    参考文献

第六章 蛋白质组学(下载ppt
    第一节 蛋白质组学概述(图6.1
    第二节 蛋白质的大规模分离鉴定技术
    第三节 蛋白质的翻译后修饰
    第四节 蛋白质分选
    第五节 蛋白质相互作用
    思考题
    参考文献

第七章 系统生物学(下载ppt
    第一节 系统生物学基本概念
    第二节 系统生物学基本技术与方法
    第三节 先进的成像技术
    第四节 基因表达调控网络(图7.11-12
    第五节 代谢网络
    第六节 信号转导途径
    第七节 蛋白质一蛋白质相互作用网络(图7.28图7.29图7.30图7.31图7.32图7.33
    第八节 虚拟细胞
    思考题
    参考文献

第八章 合成生物学(下载ppt
    第一节 合成生物学概述
    第二节 合成生物学基础研究经典实例
    第三节 合成生物学应用研究经典实例
    思考题
    参考文献

第九章 分子进化与系统发育(下载ppt
    第一节 分子进化与系统发育
    第二节 分子系统发育树的构建方法
    第三节 系统发育树构建及应用
    思考题
    参考文献

第十章 统计学习与推理(下载ppt
    第一节 统计学习与推理基础
    第二节 统计模型与参数推断
    第三节 聚类分析、主成分分析与Fisher判别
    第四节 贝叶斯推理
    第五节 隐马尔可夫模型
    第六节 动态神经网络
    第七节 支持向量机
    第八节 MATLAB的应用实例
    思考题
    参考文献

第十一章 生物信息学编程基础(下载ppt
    第一节 Linux操作系统
    第二节 生物信息学中的编程语言
    第三节 SQL及数据库编程
    第四节 并行计算
    思考题
    参考文献

第十二章 第二代测序技术及其应用(下载ppt
    第一节 测序技术概述
    第二节 第二代测序原理(图12.3左
    第三节 第二代测序技术的应用
    第四节 生物信息学在第二代测序中的应用(图12.6图12.8图12.10
    思考题
    参考文献

其他信息:

1. 生物信息常用数据库、工具网址及相关网络视频(不断更新

2. 适用于高中生物信息学内容(不断更新

欢迎推荐,共同推动国内的生物信息学教学,谢谢!

Up to Top

This page last modified: May 11, 2022