RiceNetDB

RiceNetDB is currently the most comprehensive regulatory database on Oryza Sativa based on genome annotation. It was displayed in three levels: GEM, PPIs and GRNs to facilitate biomolecular regulatory analysis and gene-metabolite mapping.

General Information
Protein ID	LOC_Os06g38470 View Network
Names	Histone deacetylase
Function	histone deacetylase 19, putative, expressed
Attributes	Length: 519 Status: Complete Existence: Evidence at transcript level Molecular Weight: 57506 pI: 5.3285 Subcellular Location (adjusted): Cytosol Nucleus
Gene Model	LOC_Os06g38470.1 LOC_Os06g38470.2 LOC_Os06g38470.3
Enzyme	3.5.1.98 histone deacetylase

Reactions
OSR2006

Protein-Protein Interaction ( Show in Viewer )
LOC_Os07g41090 LOC_Os11g05730 LOC_Os08g45130 LOC_Os11g34300 LOC_Os12g07950 LOC_Os11g34305 LOC_Os12g41930 LOC_Os06g48800 LOC_Os11g40150 LOC_Os06g46770 LOC_Os07g36500 LOC_Os10g39410 LOC_Os07g46590 LOC_Os12g06200 LOC_Os07g41800 LOC_Os10g32550 LOC_Os08g38570 LOC_Os07g29620 LOC_Os07g41180 LOC_Os12g34062 LOC_Os12g38970 LOC_Os07g37790 LOC_Os06g49510 LOC_Os12g31480 LOC_Os07g06980 LOC_Os10g11620 LOC_Os08g01100 LOC_Os07g35260 LOC_Os08g09320 LOC_Os12g33924 LOC_Os12g44330 LOC_Os09g21770 LOC_Os10g02250 LOC_Os08g26490 LOC_Os08g04270 LOC_Os08g41220 LOC_Os08g23710 LOC_Os07g43360 LOC_Os09g32976 LOC_Os07g39900 LOC_Os06g50910 LOC_Os12g39210 LOC_Os12g34144 LOC_Os09g01640 LOC_Os11g04070 LOC_Os07g37640 LOC_Os07g09010 LOC_Os08g30910 LOC_Os06g43210 LOC_Os12g31380 LOC_Os08g25570 LOC_Os12g31810 LOC_Os11g11390 LOC_Os08g37780 LOC_Os12g38000 LOC_Os09g19830 LOC_Os11g03430 LOC_Os07g30200 LOC_Os12g21890 LOC_Os07g31340 LOC_Os07g47710 LOC_Os06g38470 LOC_Os09g20820 LOC_Os06g48570 LOC_Os06g48750 LOC_Os12g07720 LOC_Os08g28214 LOC_Os11g05562 LOC_Os08g33340 LOC_Os07g14830 LOC_Os07g03160 LOC_Os12g30060 LOC_Os08g23680 LOC_Os08g42600 LOC_Os07g07240 LOC_Os09g19750 LOC_Os10g41520 LOC_Os11g41160 LOC_Os10g28040 LOC_Os07g28280 LOC_Os11g03460 LOC_Os07g02350 LOC_Os07g22220 LOC_Os08g05840 LOC_Os08g23440 LOC_Os11g39670 LOC_Os08g44830 LOC_Os11g16410 LOC_Os11g42160 LOC_Os07g06440 LOC_Os09g38020 LOC_Os07g42600 LOC_Os09g34040 LOC_Os09g26340 LOC_Os10g35250 LOC_Os09g27060 LOC_Os10g31970 LOC_Os10g42430 LOC_Os08g23320 LOC_Os10g41450 LOC_Os07g31370 LOC_Os08g44770 LOC_Os07g36940 LOC_Os09g02700 LOC_Os09g01290 LOC_Os10g27190 LOC_Os06g40630 LOC_Os07g15880 LOC_Os08g39820 LOC_Os11g34360 LOC_Os09g08430 LOC_Os05g45420 LOC_Os01g43030 LOC_Os02g58020 LOC_Os03g02780 LOC_Os05g38530 LOC_Os01g59800 LOC_Os05g30530 LOC_Os04g51630 LOC_Os03g22570 LOC_Os03g21950 LOC_Os03g26440 LOC_Os03g15650 LOC_Os04g38870 LOC_Os03g62260 LOC_Os02g44120 LOC_Os05g01020 LOC_Os01g47600 LOC_Os03g28140 LOC_Os02g14000 LOC_Os04g22240 LOC_Os03g51140 LOC_Os05g43610 LOC_Os05g36280 LOC_Os06g08480 LOC_Os04g46450 LOC_Os05g40080 LOC_Os02g06640 LOC_Os06g09170 LOC_Os03g10340 LOC_Os04g49420 LOC_Os03g17790 LOC_Os02g38300 LOC_Os01g13460 LOC_Os02g45940 LOC_Os04g54340 LOC_Os03g22450 LOC_Os04g43300 LOC_Os01g01960 LOC_Os02g05630 LOC_Os04g52340 LOC_Os01g64090 LOC_Os03g46390 LOC_Os01g47690 LOC_Os03g44900 LOC_Os04g51830 LOC_Os05g40060 LOC_Os06g03940 LOC_Os02g18850 LOC_Os03g60130 LOC_Os01g11070 LOC_Os01g05500 LOC_Os03g05480 LOC_Os01g46932 LOC_Os01g04870 LOC_Os02g14860 LOC_Os05g38710 LOC_Os02g39800 LOC_Os03g19480 LOC_Os04g52940 LOC_Os01g70020 LOC_Os03g43890 LOC_Os01g64640 LOC_Os06g11320 LOC_Os05g24770 LOC_Os01g31610 LOC_Os01g71230 LOC_Os05g06760 LOC_Os02g32490 LOC_Os05g05230 LOC_Os01g36930 LOC_Os01g54020 LOC_Os03g16860 LOC_Os05g28280 LOC_Os03g56260 LOC_Os03g33580 LOC_Os06g08770 LOC_Os03g58400 LOC_Os01g62244 LOC_Os04g42095 LOC_Os04g40840 LOC_Os03g08020 LOC_Os03g50390 LOC_Os03g13970 LOC_Os02g52470 LOC_Os02g53770 LOC_Os04g01130 LOC_Os03g24900 LOC_Os05g46330 LOC_Os06g38470 LOC_Os01g08560 LOC_Os01g03020 LOC_Os04g56710 LOC_Os03g14990 LOC_Os01g33080 LOC_Os03g63420 LOC_Os02g08260 LOC_Os01g01720 LOC_Os05g08970 LOC_Os04g25550 LOC_Os03g63300 LOC_Os03g09140 LOC_Os05g07050 LOC_Os01g61920 LOC_Os04g47240 LOC_Os03g25260 LOC_Os05g05780 LOC_Os03g51250 LOC_Os05g01230 LOC_Os05g46620 LOC_Os03g54780 LOC_Os02g48740 LOC_Os04g09860 LOC_Os02g04660 LOC_Os02g09650 LOC_Os01g54870 LOC_Os03g55490 LOC_Os03g08050 LOC_Os01g58680 LOC_Os06g06510 LOC_Os06g06090 LOC_Os05g48030 LOC_Os02g47150 LOC_Os01g16540 LOC_Os03g57760 LOC_Os03g17700 LOC_Os03g57790 LOC_Os01g72790 LOC_Os01g56980 LOC_Os02g02890 LOC_Os06g07878 LOC_Os03g06760 LOC_Os01g56590 LOC_Os02g07830 LOC_Os06g15360 LOC_Os01g42260 LOC_Os04g08034 LOC_Os02g51780 LOC_Os06g06460 LOC_Os02g56130 LOC_Os02g34680 LOC_Os05g30940 LOC_Os03g51550 LOC_Os02g52140 LOC_Os02g05330 LOC_Os06g09850 LOC_Os03g53190 LOC_Os05g32600 LOC_Os01g39260 LOC_Os03g38000 LOC_Os03g07080 LOC_Os01g39310 LOC_Os02g47180 LOC_Os02g45820 LOC_Os02g55300 LOC_Os03g53700 LOC_Os05g37690 LOC_Os01g62440 LOC_Os02g02750 LOC_Os02g33140 LOC_Os02g15220 LOC_Os03g26450 LOC_Os03g10990 LOC_Os05g49300 LOC_Os04g19990 LOC_Os01g27520 LOC_Os03g29470 LOC_Os03g36780 LOC_Os04g33750 LOC_Os02g29464 LOC_Os03g53960 LOC_Os04g56800 LOC_Os03g08010 LOC_Os06g04580 LOC_Os06g07978 LOC_Os02g02960 LOC_Os05g23720 LOC_Os02g30050 LOC_Os04g30730 LOC_Os02g10020 LOC_Os04g35060 LOC_Os01g04260 LOC_Os05g38740 LOC_Os03g04980 LOC_Os05g51490 LOC_Os04g42090 LOC_Os04g39700 LOC_Os04g44620 LOC_Os05g39050 LOC_Os05g49150 LOC_Os03g44620 LOC_Os01g73310 LOC_Os02g08300 LOC_Os03g01216 LOC_Os02g37000 LOC_Os03g18310 LOC_Os05g42424 LOC_Os03g21690 LOC_Os01g09460 LOC_Os04g37950 LOC_Os03g61930 LOC_Os05g13330 LOC_Os04g54330 LOC_Os04g54940 LOC_Os06g16390

Protein-Protein Interaction ( Show in Viewer )

LOC_Os07g41090  LOC_Os11g05730  LOC_Os08g45130  LOC_Os11g34300  LOC_Os12g07950  LOC_Os11g34305
LOC_Os12g41930  LOC_Os06g48800  LOC_Os11g40150  LOC_Os06g46770  LOC_Os07g36500  LOC_Os10g39410
LOC_Os07g46590  LOC_Os12g06200  LOC_Os07g41800  LOC_Os10g32550  LOC_Os08g38570  LOC_Os07g29620
LOC_Os07g41180  LOC_Os12g34062  LOC_Os12g38970  LOC_Os07g37790  LOC_Os06g49510  LOC_Os12g31480
LOC_Os07g06980  LOC_Os10g11620  LOC_Os08g01100  LOC_Os07g35260  LOC_Os08g09320  LOC_Os12g33924
LOC_Os12g44330  LOC_Os09g21770  LOC_Os10g02250  LOC_Os08g26490  LOC_Os08g04270  LOC_Os08g41220
LOC_Os08g23710  LOC_Os07g43360  LOC_Os09g32976  LOC_Os07g39900  LOC_Os06g50910  LOC_Os12g39210
LOC_Os12g34144  LOC_Os09g01640  LOC_Os11g04070  LOC_Os07g37640  LOC_Os07g09010  LOC_Os08g30910
LOC_Os06g43210  LOC_Os12g31380  LOC_Os08g25570  LOC_Os12g31810  LOC_Os11g11390  LOC_Os08g37780
LOC_Os12g38000  LOC_Os09g19830  LOC_Os11g03430  LOC_Os07g30200  LOC_Os12g21890  LOC_Os07g31340
LOC_Os07g47710  LOC_Os06g38470  LOC_Os09g20820  LOC_Os06g48570  LOC_Os06g48750  LOC_Os12g07720
LOC_Os08g28214  LOC_Os11g05562  LOC_Os08g33340  LOC_Os07g14830  LOC_Os07g03160  LOC_Os12g30060
LOC_Os08g23680  LOC_Os08g42600  LOC_Os07g07240  LOC_Os09g19750  LOC_Os10g41520  LOC_Os11g41160
LOC_Os10g28040  LOC_Os07g28280  LOC_Os11g03460  LOC_Os07g02350  LOC_Os07g22220  LOC_Os08g05840
LOC_Os08g23440  LOC_Os11g39670  LOC_Os08g44830  LOC_Os11g16410  LOC_Os11g42160  LOC_Os07g06440
LOC_Os09g38020  LOC_Os07g42600  LOC_Os09g34040  LOC_Os09g26340  LOC_Os10g35250  LOC_Os09g27060
LOC_Os10g31970  LOC_Os10g42430  LOC_Os08g23320  LOC_Os10g41450  LOC_Os07g31370  LOC_Os08g44770
LOC_Os07g36940  LOC_Os09g02700  LOC_Os09g01290  LOC_Os10g27190  LOC_Os06g40630  LOC_Os07g15880
LOC_Os08g39820  LOC_Os11g34360  LOC_Os09g08430  LOC_Os05g45420   LOC_Os01g43030   LOC_Os02g58020
LOC_Os03g02780   LOC_Os05g38530   LOC_Os01g59800   LOC_Os05g30530   LOC_Os04g51630   LOC_Os03g22570
LOC_Os03g21950   LOC_Os03g26440   LOC_Os03g15650   LOC_Os04g38870   LOC_Os03g62260   LOC_Os02g44120
LOC_Os05g01020   LOC_Os01g47600   LOC_Os03g28140   LOC_Os02g14000   LOC_Os04g22240   LOC_Os03g51140
LOC_Os05g43610   LOC_Os05g36280   LOC_Os06g08480   LOC_Os04g46450   LOC_Os05g40080   LOC_Os02g06640
LOC_Os06g09170   LOC_Os03g10340   LOC_Os04g49420   LOC_Os03g17790   LOC_Os02g38300   LOC_Os01g13460
LOC_Os02g45940   LOC_Os04g54340   LOC_Os03g22450   LOC_Os04g43300   LOC_Os01g01960   LOC_Os02g05630
LOC_Os04g52340   LOC_Os01g64090   LOC_Os03g46390   LOC_Os01g47690   LOC_Os03g44900   LOC_Os04g51830
LOC_Os05g40060   LOC_Os06g03940   LOC_Os02g18850   LOC_Os03g60130   LOC_Os01g11070   LOC_Os01g05500
LOC_Os03g05480   LOC_Os01g46932   LOC_Os01g04870   LOC_Os02g14860   LOC_Os05g38710   LOC_Os02g39800
LOC_Os03g19480   LOC_Os04g52940   LOC_Os01g70020   LOC_Os03g43890   LOC_Os01g64640   LOC_Os06g11320
LOC_Os05g24770   LOC_Os01g31610   LOC_Os01g71230   LOC_Os05g06760   LOC_Os02g32490   LOC_Os05g05230
LOC_Os01g36930   LOC_Os01g54020   LOC_Os03g16860   LOC_Os05g28280   LOC_Os03g56260   LOC_Os03g33580
LOC_Os06g08770   LOC_Os03g58400   LOC_Os01g62244   LOC_Os04g42095   LOC_Os04g40840   LOC_Os03g08020
LOC_Os03g50390   LOC_Os03g13970   LOC_Os02g52470   LOC_Os02g53770   LOC_Os04g01130   LOC_Os03g24900
LOC_Os05g46330   LOC_Os06g38470   LOC_Os01g08560   LOC_Os01g03020   LOC_Os04g56710   LOC_Os03g14990
LOC_Os01g33080   LOC_Os03g63420   LOC_Os02g08260   LOC_Os01g01720   LOC_Os05g08970   LOC_Os04g25550
LOC_Os03g63300   LOC_Os03g09140   LOC_Os05g07050   LOC_Os01g61920   LOC_Os04g47240   LOC_Os03g25260
LOC_Os05g05780   LOC_Os03g51250   LOC_Os05g01230   LOC_Os05g46620   LOC_Os03g54780   LOC_Os02g48740
LOC_Os04g09860   LOC_Os02g04660   LOC_Os02g09650   LOC_Os01g54870   LOC_Os03g55490   LOC_Os03g08050
LOC_Os01g58680   LOC_Os06g06510   LOC_Os06g06090   LOC_Os05g48030   LOC_Os02g47150   LOC_Os01g16540
LOC_Os03g57760   LOC_Os03g17700   LOC_Os03g57790   LOC_Os01g72790   LOC_Os01g56980   LOC_Os02g02890
LOC_Os06g07878   LOC_Os03g06760   LOC_Os01g56590   LOC_Os02g07830   LOC_Os06g15360   LOC_Os01g42260
LOC_Os04g08034   LOC_Os02g51780   LOC_Os06g06460   LOC_Os02g56130   LOC_Os02g34680   LOC_Os05g30940
LOC_Os03g51550   LOC_Os02g52140   LOC_Os02g05330   LOC_Os06g09850   LOC_Os03g53190   LOC_Os05g32600
LOC_Os01g39260   LOC_Os03g38000   LOC_Os03g07080   LOC_Os01g39310   LOC_Os02g47180   LOC_Os02g45820
LOC_Os02g55300   LOC_Os03g53700   LOC_Os05g37690   LOC_Os01g62440   LOC_Os02g02750   LOC_Os02g33140
LOC_Os02g15220   LOC_Os03g26450   LOC_Os03g10990   LOC_Os05g49300   LOC_Os04g19990   LOC_Os01g27520
LOC_Os03g29470   LOC_Os03g36780   LOC_Os04g33750   LOC_Os02g29464   LOC_Os03g53960   LOC_Os04g56800
LOC_Os03g08010   LOC_Os06g04580   LOC_Os06g07978   LOC_Os02g02960   LOC_Os05g23720   LOC_Os02g30050
LOC_Os04g30730   LOC_Os02g10020   LOC_Os04g35060   LOC_Os01g04260   LOC_Os05g38740   LOC_Os03g04980
LOC_Os05g51490   LOC_Os04g42090   LOC_Os04g39700   LOC_Os04g44620   LOC_Os05g39050   LOC_Os05g49150
LOC_Os03g44620   LOC_Os01g73310   LOC_Os02g08300   LOC_Os03g01216   LOC_Os02g37000   LOC_Os03g18310
LOC_Os05g42424   LOC_Os03g21690   LOC_Os01g09460   LOC_Os04g37950   LOC_Os03g61930   LOC_Os05g13330
LOC_Os04g54330   LOC_Os04g54940   LOC_Os06g16390

Reference
PubMed	19453457

Database Links
UniprotKB	Q7Y0Y8
Ensembl	LOC_Os06g38470.1
Refseq	NP_001057943.1
EMBL	AF513382 AP003724 AP008212 AK068682
KEGG	osa:4341387 dosa:Os06t0583400-01